药师如来成佛后，在东方净土化导众生，且誓愿为众生消除灾苦、求得现世安乐。其世界名净琉璃，位于东方十恒河沙等佛土之外，因此，药师佛又称药师琉璃光如来。其国土庄严如极乐国，其中有日光、月光二菩萨，为二胁士。药师佛的誓愿不可思议，若有人身患重病，死衰相现，若能为此人昼夜六时供养礼拜药师如来，诵此经四十九遍，燃四十九灯，乃至四十九天光明不绝，造五色彩幡，放生至四十九个，此人即神识还复，得续其命。

据传说，藏医学名著《四部医典》，即为药师佛所传。在仙人居住的药城善见城里，有一座用五种珍宝建成的无量宫。宫殿里装饰着各种珍贵的药物。这些药物能医治龙病、赤巴病、培根病、合并症、综合症等四百零四种疾病；能使热病转凉、寒病转温，并能消除八万邪魔，使一切愿望都能实现。在无量宫中的琉璃宝座上，端坐着导师世尊医药上师琉璃光王。导师的周围有天神、仙人、外道徒、佛教徒等。其时，导师世尊医圣琉璃光王，进入消除四百零四种疾病的医王之名的禅定中。进入禅定不久，从心房里发出了千万道各色佛光，普照十方，消除了十方众生的心理疾苦和无明所产生的一切三毒疾病。佛光复又消失在心房里。而后，又从导师的心房里变化出一位明智大仙，端坐在空中，向仙人们讲道：“善哉！众道友！你们应该知道，人类为了预防和医治疾病，应当学习医学秘诀；为了长寿，人们应当学习医学秘诀；为了法、财富、安乐，人们应当学习医学秘诀；为了从疾病的痛苦中解脱众生以及受人尊敬，人们应当学习医学秘诀。”此时，从导师琉璃光王的舌面上发出了千万道各色佛光，普照十方，纠正了十方众生在言论上的过失，消除了病魔之苦，佛光复又消失在舌面上。之后，又从导师的语音里变化出一位称为“意生”的仙人，他向导师顶礼之后，在导师面前做了个狮子顾盼的姿势，请求道：“善哉！导师明智仙长！为了自己和他人的事业，应该如何学习医学秘诀，请导师赐教。”明智大仙讲道：“善哉！众仙长！应当学习医学秘诀论，应当学习其中的支分，应当学习其中的点分，应当学习其中的会分，应当学习其中的经分，应当学习其中的章分。”二者一问一答，由此演说出四部医典。

关于药师如来的形像，《药师如来念诵仪轨》说：“如来左手令执药器，亦名无价珠。右手令作结三界印，一著袈裟结跏趺坐。” 一般流传的形像为螺发形，左手持药壶，右手结施无畏印（或与愿印），日光、月光二菩萨胁侍左右，并称为药师三尊。也有以观音、势至二菩萨为其胁侍者。此外，还有以文殊师利、观音、势至、宝坛华、无尽意、药王、药上、弥勒等八菩萨为其侍者。

依《药师琉璃光七佛本愿功德经》载，药师佛又作七佛药师。即善称名吉祥王如来、宝月智严光音自在王如来、金色宝光妙行成就如来、无忧最胜吉祥如来、法海雷音如来、法海慧游戏神通如来、药师琉璃光如来。其中前六如来为药师如来的分身。